В данном исследовании рассматривается метод использования нанопорового секвенирования для анализа библиотек 10x Genomics single-nucleus multiome, что позволяет преодолеть ограничения стандартного секвенирования Illumina. В то время как короткие прочтения Illumina фиксируют только 3'-конец РНК-транскриптов, теряя информацию о сайтах начала транскрипции (TSS), нанопоровое секвенирование обеспечивает профилирование полноразмерных транскриптов. Авторы продемонстрировали успешное генетическое демультиплексирование данных нанопорового секвенирования, несмотря на его более высокий уровень ошибок по сравнению с традиционными методами. В ходе сравнительного анализа было установлено, что нанопоровое секвенирование мультиомной кДНК позволяет идентифицировать медианно 63% сайтов начала транскрипции (TSS), обнаруженных с помощью специализированного 5'-анализа. Исследование также предлагает оптимизированный подход к предобработке нанопоровых прочтений для повышения точности идентификации TSS. Данная методология имеет высокую значимость для биоинформатики и геномики, предоставляя более глубокое понимание транскрипционной активности на уровне отдельных ядер.