В статье представлен MicrobeRT — интегрированный набор инструментов на базе дообученных языковых моделей для генома, предназначенный для анализа метаданных метагеномных последовательностей. Исследование направлено на решение проблем точности и воспроизводимости эпидемиологического надзора за инфекционными заболеваниями, где традиционные методы диагностики часто не способны выявить атипичные или новые патогены. В основе фреймворка лежат три предварительно обученные геномные языковые модели: Nucleotide Transformer, DNABERT и HyenaDNA, которые были дообучены на обширных курируемых наборах данных, включающих более 500 000 геномов и 250 000 последовательностей генов устойчивости к антибиотикам. Модель решает три ключевые задачи: таксономическую идентификацию на уровне вида, обнаружение генов устойчивости к антибиотикам и оценку патогенности. Сравнительное тестирование с использованием разработанной системы бенчмаркинга показало, что MicrobeRT демонстрирует высокую производительность на симулированных и эмпирических данных, значительно снижая вычислительные затраты по сравнению с существующими инструментами биоинформатики. Фреймворк выпущен как программное обеспечение с открытым исходным кодом и обеспечивает бесшовную интеграцию, например, в виде дополнения для пайплайна TaxTriage. Результаты работы доказывают жизнеспособность клинически значимого многоклассового анализа, предлагая масштабируемый и воспроизводимый путь к внедрению ИИ-усиленной диагностики инфекционных заболеваний.