В исследовании представлен CASPA (Context-Aware Single-Cell Proteomics Analysis) — инновационный автоматизированный конвейер для анализа данных протеомики единичных клеток (SCP), полученных с помощью масс-спектрометрии. Авторы решают критические проблемы отрасли: отсутствие стандартизации, наличие фонового загрязнения белками и субъективность ручной аннотации типов клеток. Методология включает адаптивный контроль качества, итеративную коррекцию батч-эффектов на основе энтропии и уникальный механизм аннотации с использованием больших языковых моделей (LLM). Для устранения типичных ошибок LLM (таких как неверная интерпретация состояний клеток) была разработана трехэтапная архитектура промптов, сочетающая общие биологические принципы с ограничениями, специфичными для конкретного набора данных. Тестирование на данных мозга человека, глиобластомы и опухолей кожи показало высокую точность, сопоставимую с результатами сортировки клеток методом FACS и подтвержденную иммуногистохимией. CASPA обеспечивает воспроизводимый рабочий процесс с количественной оценкой уверенности в аннотациях, что делает его ценным инструментом для высокопроизводительных протеомных лабораторий.