Статья представляет MErlin (Methylation-driven Expression & Regulation Linkage in Interacting Nuclear-domains) — открытый мультиомиксный инструментарий для анализа бактериальных метиломов, интегрирующий данные модифицированных оснований, аннотации генома, инвентаризацию мотивов, генотипы метилтрансфераз, уровень транскриптов, положение реплихоры и конформацию хромосомы. Инструмент состоит из 17 композируемых модулей, которые преобразуют данные от basecalled modBAM-файлов до ранжированных генных доказательств и автономного HTML-отчёта. MErlin распространяется как обычный Python-пакет и как «навык агента» — структурированный, версионируемый слой процедурных знаний, позволяющий LLM-ассистенту (например, Claude) выбирать и запускать проверенные операции без генерации новых реализаций анализа. Такой подход рассматривает естественный язык как интерфейс к фиксированным аналитическим операциям, а не как замену протестированному научному ПО. Навык кодирует правила выбора модулей, обязательные предварительные проверки, вопросы, требующие участия человека, ограничения «дизайн-инференс» и руководство по интерпретации. Авторы описывают архитектуру и статистику MErlin, валидируют его на синтетическом наборе данных с заложенной истиной и демонстрируют разговорный интерфейс на реальном сравнении метилом-транскриптом у Pseudoalteromonas haloplanktis TAC125. MErlin доступен на GitHub (https://github.com/IacopoPasseri/MErlin) и представляет собой значимый шаг к использованию LLM в биоинформатике, делая сложные эпигеномные анализы доступными через естественный язык.