Представлен Manchester Proteome Profiler (MPP) — новое программное обеспечение с открытым исходным кодом на базе R Shiny, предназначенное для автоматизации анализа количественных протеомных данных. Платформа совместима с результатами работы таких популярных инструментов, как MaxQuant, FragPipe и Proteome Discoverer, позволяя проводить фильтрацию, нормализацию, импутацию и анализ дифференциальной экспрессии белков. MPP поддерживает как сравнение одиночных, так и двойных наборов данных, а также интегрирует алгоритм SAINTexpress для анализа экспериментов по аффинной очистке и проксимальному мечению. В ходе тестирования на наборе данных проксимального биотинилирования KRAS инструмент успешно выявил воспроизводимые кластеры дифференциально экспрессируемых белков. Исследование показало способность MPP обнаруживать биологически значимые паттерны, такие как обогащение транспортеров растворимых веществ и молекул адгезии. Инструмент предоставляет возможности для функционального обогащения и построения сетей взаимодействий через базы данных Gene Ontology, BioGRID и STRING, что делает его ценным помощником для генерации гипотез в биомедицинских исследованиях.