В статье представлен новый вычислительный фреймворк TileScope, предназначенный для глубокого анализа пространственной экспрессии генов и транскрипционных программ в тканях. Методология выходит за рамки стандартного поиска колокализации, интегрируя оценку регионального обогащения, внутрирегиональной корреляции, кросс-корреляции на расстоянии и различий экспрессии у границ структур. Исследователи валидировали подход на 30 контролируемых моделях, полученных из данных о глиобластоме и гепатоцеллюлярной карциноме, где комбинированные метрики позволили четко разделить сложные паттерны, такие как градиенты и локализация у границ, которые оставались неоднозначными при использовании отдельных статистик. В исследовании 30 образцов человеческой глиобластомы TileScope выявил гипоксию-ассоциированную экспрессию, локализованную именно на границах регионов, несмотря на отсутствие значимой внутрирегиональной корреляции. Дополнительно проанализированы новые данные Visium мышиных глиом GL261 с нокаутом MCT1: показано, что программы пролиферации и миелоидных клеток обогащены в периферии опухоли, но имеют противоположные корреляции внутри этого региона. Особое внимание уделено тому, что уровень пролиферации выше у границы, обращенной к опухоли, тогда как миелоидная экспрессия смещается глубже в ткань при нокауте гена. Фреймворк также продемонстрировал работоспособность на данных секвенирования Xenium с нерегулярно расположенными клетками для глиобластомы и рака молочной железы. Результаты подтверждают, что TileScope обеспечивает пространственно-явное описание взаимосвязей генов, связывая организацию тканей с чувствительностью измерений к агрегации данных.