В исследовании проводится глубокий анализ влияния параметров хроматографического сэмплирования на точность количественного анализа в методе DIA-протеомики (Data-Independent Acquisition). Авторы изучают, как количество точек данных на пик (DPPP) и другие характеристики хроматографии влияют на пределы обнаружения (LOD) и количественного определения (LOQ). Результаты показывают, что снижение DPPP минимально влияет на LOD, но существенно ухудшает LOQ, что критично для обнаружения низкокопийных белков. С помощью моделирования признаков было установлено, что площадь пика предшественника является наиболее сильным предиктором LOQ, в то время как влияние DPPP носит контекстно-зависимый характер. При тестировании на 40 образцах плазмы (20 раковых и 20 контрольных) с использованием системы Seer Proteograph было доказано, что уменьшение плотности сэмплирования ведет к потере статистической значимости для белков с низкой концентрацией. Исследование подчеркивает необходимость оптимизации DIA-протоколов с упором на метрики LOQ и статистической мощности, а не только на общее количество идентификаций.