CyChat — это новое приложение для Cytoscape Desktop, которое интегрирует чат-интерфейс и агента на основе большой языковой модели (LLM) непосредственно в среду Cytoscape. Оно позволяет исследователям описывать свои задачи на естественном языке, а CyChat автоматически переводит эти запросы в исполняемые рабочие процессы Cytoscape Automation, генерирует и запускает код Python, а также экспортирует сессии чата с выполненным кодом в виде автономных Jupyter-ноутбуков. Это устраняет компромисс между удобными графическими интерфейсами, которые трудно документировать, и воспроизводимой автоматизацией на Python или R, требующей навыков программирования. Приложение включает встроенную среду выполнения Python и поддерживает как облачные, так и локально размещенные LLM, что снижает барьеры для начала работы. В оценке на десяти рабочих процессах Cytoscape с использованием семи различных LLM-провайдеров лучшая конфигурация достигла уровня успешного выполнения более 99%. В качественной оценке на основе опубликованной визуализации сети CyChat выполнил задачу за 1,5–5 минут, тогда как у вычислительных биологов ручные рабочие процессы через GUI занимали 15–20 минут. CyChat доступен в Cytoscape App Store по адресу https://apps.cytoscape.org/apps/cychat. Это значительный шаг к демократизации сетевого анализа, делая его доступным для исследователей без глубоких знаний программирования и повышая воспроизводимость исследований.