В статье представлен BioIMA — открытый настольный инструмент для быстрого и стандартизированного фенотипирования биологических изображений. Инструмент интегрирует сегментацию на основе фундаментальных моделей с автоматическим вычислением признаков, позволяя пользователям извлекать количественные измерения через интуитивный графический интерфейс без необходимости обучения моделей. Это особенно актуально для исследователей без вычислительного опыта, поскольку традиционные методы измерения таких признаков, как размер, форма, цвет и пространственный рисунок, часто выполняются вручную или с помощью фрагментированных полуавтоматических рабочих процессов, что снижает пропускную способность, воспроизводимость и доступность. Для валидации авторы количественно оценили морфологические признаки узлов (knot) у двух видов Populus, поскольку такие измерения обычно трудоемки при ручном выполнении. Автоматические измерения показали высокую согласованность с ручными измерениями на основе ImageJ (R² > 0.95), при этом время обработки одного изображения сократилось примерно на 75% (с ~15 секунд до ~4 секунд). BioIMA также был применен к разнообразным растительным наборам данных, включая изображения Helianthus и Rhododendron с различной морфологией и фоновыми условиями. Хотя инструмент разработан для фенотипирования растений, он может быть расширен и на другие биологические образцы, где важны региональные признаки размера, формы или цвета. Сочетая доступность и стандартизацию в легковесном локальном приложении, BioIMA представляет собой практический ресурс для сообщества, занимающегося фенотипированием на основе изображений в экологических и эволюционных исследованиях.