Исследование посвящено изучению механизмов эволюции вируса гриппа через анализ более чем 100 000 геномных последовательностей. Авторы построили масштабные филогенетические деревья для оценки нейтральных скоростей мутаций, обнаружив, что эти скорости варьируются почти в 100 раз в зависимости от типа нуклеотидной замены (например, A-to-C или A-to-G). В работе проведено сравнение паттернов мутаций у гриппа, SARS-CoV-2 и ВИЧ, что позволило выявить как общие закономерности, так и специфические различия. Исследователи оценили эффекты приспособленности для ~33 000 несинонимичных и ~8 000 синонимичных мутаций во всех белках вируса. Полученный массив данных позволяет сопоставить последовательность генома и биологическую приспособленность вируса в естественной среде, включая регионы с функциональными ограничениями. Результаты работы предоставляют глубокое понимание того, как мутации и естественный отбор формируют эволюцию вируса на уровне конкретных сайтов, что критически важно для прогнозирования новых штаммов.