Представлена TransXplorer — новая бесплатная веб-платформа, предназначенная для комплексного анализа данных секвенирования РНК (RNA-seq), которая объединяет разрозненные этапы биоинформатического исследования в единый рабочий процесс. В отличие от существующих инструментов, TransXplorer позволяет пройти путь от обработки необработанных FASTQ-файлов (с использованием HISAT2 или Salmon) до клинической и фармакологической интерпретации. Платформа реализует дифференциальный анализ экспрессии генов через DESeq2, edgeR и limma-voom, а также обеспечивает автоматическое обнаружение и коррекцию батч-эффектов (пакетных эффектов) с помощью метрик PVCA, kBET и Silhouette. Важной особенностью является интеграция функционального обогащения для более чем 1800 видов, построение сетей коэкспрессии (WGCNA), деконволюция типов клеток и предсказание транскрипционных факторов. Система позволяет связывать генные сигнатуры с потенциальными лекарственными препаратами через базы DGIdb и OpenTargets, а также проводить анализ выживаемости на когортах TCGA. Тестирование на наборах данных GSE151427 и TCGA-KIRP подтвердило точность коррекции батч-эффектов и способность платформы идентифицировать клинически значимые гены и терапевтические мишени.