В статье представлены новые вычислительные протоколы для автоматизированной аннотации некодирующих РНК (ncRNA) в вирусных геномах. Авторы описывают методы использования базы данных Rfam, которая содержит курируемые выравнивания последовательностей и консенсусные вторичные структуры для тысяч семейств РНК. Основное внимание уделено интеграции данных Rfam в биоинформатические конвейеры и рабочие процессы машинного обучения (machine learning workflows). С помощью инструмента R2DT реализована возможность полногеномной визуализации 2D-структур РНК как на основе последовательностей, так и на основе множественного выравнивания. Также продемонстрирована работа с RESTful API Rfam для программного получения метаданных семейств, загрузки выравниваний и поиска пользовательских последовательностей. Данные методы критически важны для вирусологов и исследователей РНК, стремящихся автоматизировать анализ структурно-функциональных связей в геномах вирусов.