Статья представляет Bio-Babel — автономную платформу (доступную на biobabel.stanford.edu), которая решает фундаментальную проблему научного программного обеспечения: код часто «заперт» в своём исходном языке программирования, его можно вызывать из других сред, но невозможно нативно расширять или строить на его основе. Bio-Babel автоматически переписывает программное обеспечение нативно в целевых экосистемах (например, с R на Python) и делает его вызываемым для ИИ-агентов, поставляя каждый пакет с машиночитаемым контрактом использования. В качестве демонстрации платформа реконструировала иерархический, взаимозависимый стек анализа одноклеточных данных с R на Python, точно воспроизведя оригинальные результаты. Применение реконструированного стека позволило выявить динамические дефекты дифференцировки клеток поджелудочной железы при градуированной потере комплекса SWI/SNF — важного регулятора хроматина. Работа демонстрирует, как автоматическая кросс-языковая реконструкция может сделать сложные биоинформатические инструменты доступными для современных ИИ-агентов, ускоряя воспроизводимость и повторное использование вычислительных методов в биологии.