В статье представлен IntegrateRigor — инновационный программный фреймворк, предназначенный для оптимизации интеграции данных секвенирования РНК единичных клеток (single-cell) и пространственной транскриптомики. Основная проблема текущих методов заключается в конфликте между удалением межбатчевых вариаций и сохранением биологической идентичности клеток, что ведет к ошибкам переинтеграции или недоинтеграции. IntegrateRigor решает эту задачу без использования предварительных аннотаций, применяя статистически обоснованный подход: сначала отбираются гены со стабильными паттернами экспрессии на основе оценки стабильности батчей, а затем подбираются оптимальные гиперпараметры. В ходе тестирования на данных колоректального рака метод позволил обнаружить ранее не описанные ниши на границе опухоли и иммунной системы, которые были скрыты при использовании стандартных настроек. Исследование показало, что фреймворк превосходит пять современных методов интеграции, обеспечивая более точное восстановление типов и состояний клеток. Это делает IntegrateRigor критически важным инструментом для крупномасштабных мультиомиксных исследований и повышения воспроизводимости биологических открытий.