Представлена открытая модель-агностическая платформа PhenoMe, предназначенная для анализа изображений микроскопии с использованием предобученных фундаментальных моделей (foundation models) глубокого обучения. Система преобразует визуальные данные в высокоразмерные эмбеддинги, которые затем связываются с количественными свойствами изображений и экспериментальными метаданными для выявления сложных биологических паттернов. Фреймворк предоставляет интерактивные инструменты для визуализации пространства эмбеддингов, снижения размерности, кластеризации и поиска репрезентативных изображений для каждого фенотипа на основе сходства. Особое внимание уделено интерпретируемости: реализован анализ корреляций, позволяющий связать структуру эмбеддингов с понятными исследователями характеристиками изображений. Эффективность платформы продемонстрирована на семи публичных наборах данных, включая анализы клеточной живописи (cell painting), наноразмерные синаптические изображения, анализ лекарственного ответа и динамическое фенотипирование клеток. Инструментарий включает воспроизводимые конфигурации, расширяемые обертки для моделей и плагин для napari, что делает передовые методы анализа изображений доступными для биологов без глубоких технических навыков. PhenoMe закладывает основу для широкого применения методов обучения представлений в микроскопическом анализе, ускоряя процесс контекстуализации и курирования данных.