В статье представлен Inverse FoldDir — новый метод обратного сворачивания белков (inverse folding), который решает ключевую задачу белковой инженерии: подбор аминокислотных последовательностей, совместимых с заданной пространственной структурой (backbone). Метод основан на итеративном денойзинге в симплексе вероятностей аминокислот с использованием потокового согласования Дирихле (Dirichlet flow matching), что позволяет обновлять все позиции последовательности совместно. Inverse FoldDir поддерживает полную генерацию последовательности, инпейнтинг с фиксированными остатками и задаваемые пользователем мягкие априорные предпочтения по аминокислотам. На тестовом наборе CATH 4.2 метод достиг среднего TM-score 84.5 (по шкале 0-100) и среднего Cα RMSD 1.76 Å, превзойдя сильнейший базовый метод ESM-IF1 (83.3 и 1.86 Å соответственно). Анализ траекторий денойзинга показал, что позиции «принимают решение» с разной скоростью, а некоторые остатки меняют идентичность на поздних этапах генерации, что свидетельствует о целостном уточнении последовательности, а не о одношаговом предсказании или необратимом последовательном декодировании. Метод был экспериментально проверен в задаче редизайна анти-GFP нанотел: две из 35 редизайнированных последовательностей сохранили воспроизводимый сигнал связывания sfGFP в независимых экспериментах, при этом их последовательности отличались от нативного нанотела примерно на 43%. Inverse FoldDir сочетает высокую структурную точность, контроль пользователя, экспериментальную валидацию и естественный путь к будущему семплированию с учётом свойств, что делает его перспективным инструментом для белковой инженерии в медицине, материаловедении и биотехнологии.