В статье представлен Kintsugi — новый детерминированный метод тесселяции для анализа субклеточных пространственных транскриптомных данных. Метод разбивает ткань на бины на основе плотности захваченных UMI, что позволяет измерять РНК в компартментах с низким содержанием ядер, таких как нейропиль, фиброзные рубцы и хрящевой матрикс, которые ранее было трудно анализировать из-за привязки к ядрам или фиксированным областям. Kintsugi разделяет состав генов (по остаткам Пирсона) и плотность захваченных транскриптов, обеспечивая полное покрытие ткани без необходимости гистологии или сегментации ядер. На данных Visium HD мозга мыши метод выявил компартменты нейропиля, обогащённые глиальными и дендритными транскриптами, а координаты молекул Xenium подтвердили локализацию дендритной мРНК вдали от ядер. В идиопатическом легочном фиброзе Kintsugi идентифицировал фиброзный рубец с низким содержанием ядер, а в фетальном хряще — структуру матрикса. Дополнительно, с помощью протеомики CODEX показано, что плотность захвата не сводится только к плотности ядер. Результаты демонстрируют, что пространства ткани с низким содержанием ядер содержат структурированную и интерпретируемую РНК-биологию, доступную благодаря полной тесселяции ткани. Метод открывает новые возможности для изучения внеклеточных и процесс-богатых компартментов в норме и патологии.