Визуализационная масс-цитометрия (IMC) позволяет одновременно количественно определять более 40 белковых маркеров на уровне отдельных клеток в тканях, однако биологически достоверное фенотипирование в масштабе остается критическим узким местом. Неконтролируемая кластеризация либо фрагментирует когерентные популяции, либо, наоборот, объединяет биологически некогерентные в один кластер, а контролируемые классификаторы навязывают закрытый словарь признаков. Кроме того, наличие редких субпопуляций (кодирующих клинически значимую биологию) наряду с обильными субпопуляциями может негативно сказываться на эффективности детекции. Авторы представляют AltraFlowSOM — полууправляемое расширение FlowSOM, которое встраивает частичные экспертные аннотации непосредственно в обучение самоорганизующейся карты (SOM) через двухслойную архитектуру SuperSOM, балансируя привязку топологии к меткам с неконтролируемым обнаружением новых популяций. За счет привязки карты к биологически размеченным референсным точкам AltraFlowSOM обходит каноническую зависимость между коррекцией батч-эффектов и кластеризацией. В оценке с перекрестной валидацией leave-one-out на двух независимых когортах IMC — волчаночный нефрит (n=22 ROI) и синдром Шегрена (n=10 ROI) — AltraFlowSOM превзошел все неконтролируемые и контролируемые базовые методы по скорректированному индексу Рэнда, F1-мерам (макро и взвешенной), взвешенной чистоте и идентификации редких популяций. Медианное восстановление Treg-клеток превысило показатели всех сравниваемых методов. AltraFlowSOM разрешает трилемму масштабируемости, выравнивания и открытия, устанавливая полууправляемую SOM как обобщаемый метод для высокоразмерного фенотипирования IMC.