Исследователи разработали NEPTUNE (Neuronal cEll death Prediction Tool for Understanding Neurodegenerative Events) — специализированный биоинформатический инструмент, предназначенный для идентификации маркеров клеточной смерти, специфичных именно для нейронов. В отличие от многих существующих методов, которые часто опираются на данные раковых или регенерирующих клеток, NEPTUNE учитывает постмитотическую природу нейронов, что позволяет избежать биологических искажений при анализе нейродегенеративных процессов. Инструмент работает с дифференциально экспрессируемыми генами, полученными из данных одноядерной РНК-секвенирования (scRNA-seq), и предоставляет пользователям детализированные результаты, включая графики, коэффициенты изменения экспрессии (fold change), тип воздействия и силу связи с конкретными путями клеточной смерти. Для валидации метода NEPTUNE был применен к публичному набору данных scRNA-seq модели rd1 мыши, демонстрирующей тяжелую пигментную ретиниту. Анализ показал, что гибель фоторецепторов на поздних стадиях заболевания не ограничивается только апоптозом, а включает перекрывающиеся программы клеточной смерти, что расширяет понимание патогенеза заболевания. Помимо прогнозирования, инструмент выполняет обогащающий анализ GO и KEGG, а также осуществляет маппинг на известные пути WikiPathways, что значительно упрощает интерпретацию сложных биологических данных. Доступность инструмента через веб-интерфейс делает его полезным ресурсом для исследователей, изучающих механизмы нейродегенерации и ищущих новые биомаркеры для диагностики и потенциальной терапии.