Представлено новое программное обеспечение GlyComboCLI — инструмент с открытым исходным кодом для автоматизированного определения состава гликанов на основе данных масс-спектрометрии. В отличие от предыдущих графических версий, этот CLI-инструмент позволяет интегрировать анализ гликанов в автоматизированные биоинформатические рабочие процессы, соблюдая принципы FAIR (находимость, доступность, совместимость и повторное использование). Приложение поддерживает работу с универсальными файлами формата mzML и обширным спектром моносахаридов, состояний дериватизации и аддуктов. Тестирование на наборе из 52 необработанных файлов данных гликомики мыши показало, что локальный экземпляр системы справляется с назначением составов и контролем качества менее чем за три часа. Программное обеспечение доступно в форматах standalone-исполняемого файла, Docker-контейнера и инструмента Galaxy, что обеспечивает высокую масштабируемость. Использование GlyComboCLI значительно сокращает объем спектров, требующих ручной интерпретации структуры, и позволяет воспроизводимо обнаруживать эффекты, такие как воздействие сиалидазы.