В данном исследовании проводится всесторонняя оценка возможностей модели AlphaFold 3 (AF3) в предсказании структур РНК и комплексов белок-РНК, что является критически важным шагом в понимании молекулярных механизмов жизни. Авторы проанализировали более 1300 комплексов белок-РНК и около 270 систем, состоящих только из РНК, сравнивая результаты модели с экспериментальными данными и кандидатами, отобранными по сходству последовательностей и складок. Выявлено, что на структурно новых РНК AF3 хорошо сохраняет структуру белка, но точность предсказания складки РНК и интерфейсов взаимодействия резко падает, при этом метрики уверенности модели (confidence scores) для РНК не отражают этого снижения качества. Анализ аблиаций показал, что сборка комплекса в основном определяется выравниваниями белков и шаблонами от белок-РНК комплексов, тогда как выравнивания РНК критичны для одиночных цепей и длинных молекул. Наиболее частая ошибка интерфейса заключается в том, что белок контактирует правильно, но неправильно свернутая РНК позиционируется неверно, причем стандартная оценка уверенности AF3 плохо различает такие ошибки от правильных размещений. При сравнении с экспериментальными данными CLIP-seq, SELEX и RNAcompete, AF3 обычно размещает белок против участка РНК, содержащего мотив, но часто не в нативной позе. В заключение, для комплексов, опубликованных в 2026 году, предложен новый скор, сочетающий уверенность AF3 с оценкой знакомости РНК и использованием шаблонов, который ранжирует цепи с правильными складками и интерфейсами лучше, чем стандартный скор AF3.