Atlantis — это новая интегративная база данных, разработанная для характеристики функциональной роли отдельных аминокислотных остатков в протеоме человека. База данных объединяет структурную и функциональную информацию на уровне остатков, аннотируя более 11 миллионов остатков в 20 тысячах человеческих белков. Atlantis идентифицирует сотни тысяч внутри- и межбелковых контактов, используя данные как экспериментальных PDB-структур, так и предсказанных моделей AlphaFoldDB. Ключевой особенностью ресурса является использование графовой базы данных, что позволяет выполнять сложные запросы и получать интегрированную информацию для многофакторного функционального анализа белковых систем. Особый интерес для исследователей представляет коннектор Model Context Protocol (MCP), который позволяет взаимодействовать с базой данных через большие языковые модели (LLM) и агентные фреймворки, открывая новые возможности для автоматизированных биомедицинских исследований. Авторы также предоставляют возможность анализа и интеграции пользовательских предсказанных 3D-комплексов, что было продемонстрировано на сотнях AlphaFold-мультимерных комплексов GPCR и сетей взаимодействия LRRK2. Инструмент доступен бесплатно по адресу https://atlantis.bioinfolab.sns.it/ и представляет собой значимый шаг в развитии ресурсов для изучения механизмов белков в норме и патологии, а также для анализа влияния мутаций на функцию белков.