Исследование посвящено решению проблемы гибкости рецепторов при молекулярном докинге, когда доступна только не связанная (апо) структура белка. Авторы предлагают и оценивают целевой протокол Марковской цепи Монте-Карло (MCMC), который комбинирует локальные и крупные предложения по изменению торсионных углов боковых цепей с периодической релаксацией молекулярной динамики (МД) под гармоническими ограничениями на остов. Методология включает генерацию ансамблей рецепторов из апо-структуры и их тестирование на наборе из 859 экспериментальных комплексов из бенчмарка OpenBind 2A для протеаз. Результаты показывают, что использование регулярного пространства для выбора репрезентативных структур MCMC позволяет восстановить позу лиганда с отклонением менее 2 Ангстрем от экспериментальной в 74,4% случаев, что значительно превосходит результаты для исходной апо-структуры (51,0%) и ограниченной МД (59,5%). Медианное минимальное среднеквадратичное отклонение (RMSD) тяжелых атомов лиганда снизилось с 1,96 Ангстрем для апо-структуры и 1,82 Ангстрем для ограниченной МД до 1,62 Ангстрем для метода MCMC. Наибольший прирост точности наблюдался в комплексах с большим смещением боковых цепей относительно смещения остовa кармана связывания, что подтверждает эффективность целевого подхода. В то время как репрезентативы MCMC сохраняли геометрию кармана в экспериментально наблюдаемых пределах, репрезентативы неограниченной МД демонстрировали снижение свободного объема кармана и плохое восстановление позы. Эти выводы подтверждают целесообразность использования целевого сэмплинга боковых цепей как практического метода генерации докинговых ансамблей на основе апо-структур, хотя расширение улучшений на ранжирование поз и виртуальный скрининг требует дальнейших исследований.