Исследование представляет оптимизированный алгоритм множественного выравнивания циклических последовательностей (MCSA) для анализа библиотек циклических пептидов в разработке лекарств. Циклические пептиды с циклизацией голова-к-хвосту сочетают высокую аффинность и селективность с метаболической стабильностью, но их анализ требует решения проблемы неизвестной ротации каждой последовательности. Существующие эвристики MCSA были оптимизированы для геномных данных и становятся чрезмерно медленными при работе с сотнями и тысячами коротких пептидных последовательностей. Авторы разработали оптимизации, включая библиотеку пресетов для коротких последовательностей и многопоточный бэкенд с поддержкой SIMD, обеспечивающий почти линейное масштабирование. Метод валидирован на библиотеке из 1000 H2T-циклизованных пептидов длиной 18 аминокислот, нацеленных на онкопротеин MDM2. Оптимизированный MCSA восстанавливает позиционные мотивы связывания MDM2 с той же точностью, что и оригинальная реализация, но работает в 650 раз быстрее. Инструмент открыто доступен и позволяет проводить выравнивание циклических пептидов в масштабах библиотек для де novo дизайна пептидов с использованием генеративных моделей.