В исследовании представлен MAG-E (MAG pipeline Evaluator) — новый универсальный и расширяемый фреймворк для сквозной оценки процессов создания метагеномно-собранных геномов (MAG). Методология базируется на использовании симуляций, адаптированных под конкретные экосистемы, что позволяет получить «ground truth» для точного бенчмаркинга этапов сборки, биннинга и контроля качества. В ходе тестирования на данных микробиома кишечника человека авторы сравнили два ассемблера, шесть алгоритмов биннинга и три метода контроля качества. Результаты показали, что metaSPAdes превосходит MEGAHIT по полноте (recall), а алгоритм COMEBin демонстрирует лучшую общую производительность, хотя SemiBin2 обеспечивает более высокую точность (precision). Исследование выявило критическую проблему: CheckM2 систематически завышает полноту и занижает уровень контаминации, что частично исправляется использованием GUNC. Также обнаружено, что алгоритмы биннинга плохо справляются с профагами и общими контигами, что указывает на необходимость дальнейшего развития биоинформатических инструментов для анализа микробиома.